مقام‌های پاکستانی و کارشناسان منابع آب هشدار داده‌اند که طرح‌های جدید افغانستان برای ساخت سدها و بندهای انحرافی روی رودخانه‌های کنر و کابل می‌تواند تأمین آب پاکستان در فصل پاییز را به‌طور جدی با اختلال مواجه کند.
افغانستان قصد دارد ظرفیتی معادل ۲.۵ تا ۳ میلیون اکر‌ـفوت (MAF) یعنی حدود ۳ تا ۳.۷ میلیارد مترمکعب، برای ذخیره آب در مسیر رودخانه‌های کنر و کابل ایجاد کند. مقام‌های پاکستانی بر این باورند که این اقدام می‌تواند میزان ورود آب به پاکستان را از حدود ۱۷ میلیون اکر‌ـفوت (۲۱ میلیارد مترمکعب) به ۱۴ میلیون اکر‌ـفوت (۱۷ میلیارد مترمکعب) کاهش دهد، که تقریباً کاهش ۱۶ درصدی در سال خواهد بود.
مسئولان اداره سیستم رودخانه سند و وزارت منابع آب پاکستان تأکید کرده‌اند که رودخانه کابل بین ماه‌های آوریل تا ژوئن نقش حیاتی در تأمین آب کشاورزی ایفا می‌کند، به‌ویژه زمانی که سد تربیلا به سطح مرده خود می‌رسد و ذخایر رودخانه سند کافی نیست. در این بازه زمانی، جریان رودخانه کابل به کشاورزان ایالت‌های سند و جنوب پنجاب کمک می‌کند تا کشت محصولات خود را آغاز کنند. یکی از مقام‌های اداره سیستم رودخانه سند اعلام کرده است: «حتی کاهش اندک در جریان رودخانه کابل می‌تواند کشاورزی در مناطق کلیدی را مختل کند.»
هم‌زمان، نگرانی‌هایی درباره نفوذ هند در پروژه‌های آبی افغانستان مطرح شده است. گزارش‌ها حاکی از آن است که هند پیشنهادی معادل یک میلیارد دلار برای پروژه‌های آب و زیرساختی به حکومت طالبان ارائه کرده است. مقام‌های پاکستانی این کمک را نه یک طرح توسعه‌ای، بلکه اقدامی سیاسی برای افزایش نفوذ دهلی‌نو در منطقه، به‌ویژه پیش از انتخابات آینده، ارزیابی کرده‌اند. آن‌ها همچنین هند را متهم کرده‌اند که با دست‌کاری جریان رودخانه‌های جهلم و چناب، مفاد پیمان آب‌های سند را نقض کرده است. اسلام‌آباد هشدار داده است که هرگونه تلاش برای محدودسازی یا تغییر مسیر رودخانه‌های مشترک، «اقدام خصمانه آبی» تلقی خواهد شد.
با وجود این نگرانی‌ها، کارشناسان معتقدند که افغانستان در حال حاضر توان مالی و فنی لازم برای ساخت سدهای بزرگ را ندارد. بی‌ثباتی سیاسی، ضعف زیرساخت‌ها و کمبود ظرفیت اجرایی، تحقق این پروژه‌ها در آینده نزدیک را غیرمحتمل می‌کند. رودخانه چترال پس از ورود به خاک افغانستان، کنر نامیده می‌شود و تقریباً نیمی از جریان رودخانه کابل را تشکیل می‌دهد. شیب تند مسیر، امکان ساخت سد را فراهم می‌کند، اما می‌تواند مناقشات جدی میان کابل و اسلام‌آباد ایجاد کند. مقام‌های پاکستانی همچنین گفته‌اند که پیشنهادهای مربوط به انحراف مسیر رودخانه چترال قبل از ورود به افغانستان، فعلاً تنها در حد طرح روی کاغذ است و اجرای آن خلاف قوانین بین‌المللی آب خواهد بود و می‌تواند به هند بهانه دهد تا اقدامات مشابهی علیه رودخانه‌های مشترک با پاکستان انجام دهد.
در همین حال، حکومت طالبان اعلام کرده است که قصد دارد با احداث سدهایی در مناطق مرزی جریان آب به پاکستان را محدود کند. رسانه‌های افغانستان گزارش داده‌اند که هبت‌الله آخوندزاده، رهبر طالبان، دستور ساخت فوری سد بر روی رودخانه کنر را صادر کرده است. وزارت اطلاعات طالبان با تأیید این تصمیم اعلام کرده است که قراردادهای احداث سدها با شرکت‌های داخلی افغان منعقد خواهد شد و نیازی به مشارکت شرکت‌های خارجی نیست. مهاجر فراهی، معاون این وزارتخانه، از آغاز رسمی این پروژه خبر داده و عبداللطیف منصور، سرپرست وزارت انرژی و آب طالبان، گفته است: «مطالعات ما نشان می‌دهد که این آب متعلق به افغان‌هاست و ما حق داریم به نفع خود از آن استفاده کنیم، بدون آن که به کسی ضرری برسد.»
